Итак, что делать если на флешке показываются ярлыки вместо папок и отсутствуют другие файлы.

1. Проверьте свой компьютер и флешку на вирусы, скачав бесплатный сканер от Dr.Web (Скачать)
2. Скачайте архив внизу поста, распакуйте, перетащите распаковавшийся файл (FIX) на зараженную флешку и запустите. Откроется черное окно, и Вы можете пока сходить попить чай :) Как только окно исчезнет проверьте флешку - файлы должны появиться.
Удалите все файлы, которые выглядят, как ярлыки и всё, дело сделано :).